在協調小組統一協調下，互聯網行業主管部門與前置審批部門、專項內容主管部門、公益性互聯單位主管部門以及企業登記主管部門之間建立、完善有效的互聯網站管理工作銜接流程，制定前置審批、查處違法違規網站、年度審核、公益性互聯單位主管部門管理網站、查詢網站信息等流程，各有關部門應按照共同制定的工作流程，認真執行、密切配合、通力協作，切實做好互聯網站管理工作。
　　（一）前置審批流程
　　1、擬從事新聞、出版、教育、醫療保健、藥品和醫療器械、文化、視聽節目（包括影視類音像制品）等互聯網信息服務，應當經過相關前置審批部門的批準。
　　2、網站主辦者在向互聯網行業主管部門辦理經營性互聯網信息服務經營許可或非經營性互聯網信息服務備案之前，應根據有關規定向省級或部級前置審批部門提交相關申請材料。
　　3、前置審批部門收到網站主辦者提交的申請材料后，在規定時限內做出批準、不予批準或者不需要前置審批的決定。
　　4、擬從事非經營性互聯網信息服務的網站主辦者取得前置審批部門批準后，登陸“信息產業部ICP/IP地址信息備案管理系統”（以下簡稱“備案管理系統”，網址是http：//www.miibeian.gov.cn）履行備案手續，同時需向住所（自然人身份證住所或者法人注冊住所）所在地省（自治區、直轄市）通信管理局書面提交相關前置審批部門審核同意的文件；擬從事經營性互聯網信息服務的網站主辦者取得前置審批部門批準后，按照有關規定向相關省（自治區、直轄市）通信管理局或者信息產業部辦理經營許可手續。
　　5、省（自治區、直轄市）通信管理局收到網站主辦者提交的備案信息和相關前置審批材料后，應在規定時限內為其辦理備案手續，對予以備案的，及時發放備案電子驗證標識和備案編號；省（自治區、直轄市）通信管理局或者信息產業部對許可經營的，及時向“備案管理系統”錄入網站主辦者相關信息，發放許可電子驗證標識。
　　6、互聯網行業主管部門通過“備案管理系統”按前置審批項目分類公布已取得經營許可或者已經備案的網站主辦者名單。
　　7、工商部門根據互聯網行業主管部門頒發的互聯網信息服務經營許可，為經營性互聯網信息服務提供者辦理相關登記或經營范圍變更手續。
　　網站主辦者名稱、住所、法定代表人或者網站負責人、服務項目、網站域名注冊、IP地址等事項發生變更的，比照前置審核流程辦理變更手續。
　　（二）查處違法違規網站流程
　　1、專項內容主管部門應依法對所主管的相關互聯網信息服務內容進行檢查。
　　2、專項內容主管部門應依法對違法違規網站進行查處，視情節將查處結果通報同級互聯網行業主管部門。對專項內容主管部門依法責令停止超范圍提供信息服務而網站拒不停止的，互聯網行業主管部門通知相關接入服務提供商或公益性互聯單位主管部門（公益性互聯單位主管部門應當要求所主管的公益性互聯單位）停止其接入服務。
　　3、專項內容主管部門要求互聯網行業主管部門配合停止接入服務的，可以向同級互聯網行業主管部門通報有關行政處罰情況。互聯網行業主管部門根據專項內容主管部門通報的情況，注銷網站主辦者的經營許可或備案，并通知相關接入服務提供商停止接入服務，或通知公益性互聯單位主管部門要求所主管的公益性互聯單位停止接入服務。
　　4、前置審批部門取消網站前置審批業務資格的，應向同級互聯網行業主管部門通報有關處理情況。互聯網行業主管部門根據前置審批部門的通報情況，變更網站主辦者經營許可服務項目或備案服務項目，并向同級工商部門通報有關變更經營許可服務項目情況。工商部門根據互聯網行業主管部門的通報情況，責令經營性互聯網信息服務提供者限期辦理變更登記或依法辦理注銷登記。
　　5、互聯網行業主管部門、專項內容主管部門對違法違規網站涉嫌犯罪的，移交同級公安機關處理。
　　（三）年度審核流程
　　1、互聯網行業主管部門依法對基礎電信運營商、互聯網接入服務提供商、互聯網信息服務提供者、域名注冊注冊服務機構進行年度審核。
　　2、專項內容主管部門負責對各自主管的專項內容進行年度審核，向行業主管部門提供年度審核不合格意見，實行一票否決制。
　　3、專項內容主管部門的年度審核意見分為“年度審核合格”“取消專項服務資格”、“關閉網站”三種。其中，“取消專項服務資格”、“關閉網站”屬于年度審核不合格意見。
　　4、專項內容主管部門應當對出具年度審核不合格意見的網站先進行依法查處，并將依法查處情況通報同級互聯網行業主管部門。
　　5-1、前置審批部門應區別不同情況提出年度審核不合格意見：
　　（1）對于已經取得前置審批文件的互聯網站，應依法做出“取消專項服務資格”或“關閉網站”的年度審核不合格意見；
　　（2）對于未取得相應前置審批文件、超范圍提供信息服務的網站，依法予以查處。對拒不補辦前置審批手續或拒不糾正違法違規行為的網站，依法做出“關閉網站”的年度審核不合格意見。
　　5-2、公安機關、國家安全機關和國家保密工作主管部門對網站提出年度審核不合格意見的，應當向同級互聯網行業主管部門通報有關依法查處情況。
　　6、聯網行業主管部門對同級專項內容主管部門提供年度審核不合格意見的，應依法做出如下處理：
　　（1）、對于年度審核意見為“取消專項服務資格”的，應依法變更經營許可服務項目或備案服務項目；
　　（2）、對于年度審核意見為“關閉網站”的，應依法注銷其經營許可證或備案，并通知相關接入服務提供商停止接入，或者通知公益性互聯單位主管部門要求其所主管的公益性互聯單位停止接入，同時向同級工商部門通報處理情況。
　　7、工商部門根據互聯網行業主管部門的通報情況，責令經營性互聯網信息服務提供者限期辦理變更登記或依法辦理注銷登記。
　　8、互聯網行業主管部門應及時向同級有關部門通報年度審核的處理結果。
　　（四）公益性互聯單位主管部門網站管理工作流程
　　1、公益性互聯單位主管部門應對所主管的公益性互聯單位的接入服務行為加強監督檢查。公益性互聯單位應嚴格遵守國家有關規定，不得為未取得電信業務經營許可或者未履行備案手續的網站主辦者提供互聯網接入服務。公益性互聯單位主管部門對違規的公益性互聯單位予以行政處罰。
　　2、公益性互聯單位主管部門應要求所主管的公益性互聯單位記錄所接入的網站主辦者備案信息，對網站主辦者的備案信息進行認真核實、動態更新，保證備案信息的真實、完整、準確，并督促、知道已經備案的互聯網站按規定標明備案編號、下載安裝備案電子標識文件。
　　3、公益性互聯單位主管部門應要求所主管的公益性互聯單位積極配合、協助互聯網行業主管部門和專項內容主管部門對違法違規網站進行依法查處。
　　（五）查詢網站信息流程
　　1、互聯網行業主管部門向專項內容主管部門提供查詢網站信息便利條件，并盡快提供聯網查詢條件。
　　2、前置審批部門、專項內容主管部門向同級互聯網行業主管部門提供要求配合查詢網站有關信息的函。
　　3、互聯網行業主管部門通過“備案信息系統”開展查詢，并及時按查詢要求將查詢結果反饋給相關部門，大批量查詢以電子數據方式反饋。